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Quando o episodio começa Mr. Eko está na praia a cortar lenha para continuar a construção da sua igreja. Ana-Lucia aparece e pergunta-lhe o que ele está a fazer, Eko explica-lhe que lhe foi dito num sonho que ele deveria fazer e Ana-Lucia responde, “Um sonho com este?”. Neste momento Eko vê sangue na boca de Ana e nota um ferimento de bala no peito dela e ela diz-lhe “Tens de ajudar o John.”. Eko dá consigo na escotilha e com o irmão dele Yemi sentado ao computador. Eko quer-lhe pedir desculpas mas Yemi pára-o e diz-lhe que John perdeu o rumo e que Eko precisa ajuda-lo a encontrar o “Ponto de Interrogação”. A escotilha começa a tremer violentamente, Yemi insiste com Eko que existem muitas distracções, mas que ele tem de se manter focado em encontra o “?”. O alarme do relógio começa a apitar quando os números dele passam a pontos de interrogações, Yemi insere um código num teclado que consiste apenas em pontos de interrogações. Antes de Eko acordar Yemi diz-lhe para ele não se esquecer do machado. Entretanto Locke, Sawyer, Kate e Jack estão a dirigir-se para a escotilha enquanto discutem de quem é a culpa de Ana ter roubado a arma. À porta da escotilha dão de caras com Michael a tropeçar para fora dela, ele afirma ter acordado com o som de tiros e que um homem o atingiu e depois escapou. Kate, Sawyer e Locke entram a correr para a escotilha e Jack fica a ajudar Michael, Eko chega segundos depois. No interior da escotilha deparam-se com a tragédia, Kate corre a sentir o pulso de Ana enquanto que Sawyer vai ter com Libby. Jack entra com Michael e Eko e Kate avisa que Ana está morta. As atenções viram-se para Sawyer e Libby que continua no chão, de repente Libby tosse uma grande quantidade de sangue, Jack precipita-se para trata-la enquanto vemos a preocupação a surgir na cara de Michael. Eko dá a extrema-unção a Ana enquanto Libby entra em estado de choque. Revoltado com a situação toda Jack insiste em ir atrás de Henry mas Sawyer pergunta-lhe quem fica a tratar da Libby enquanto ele vai. Eko oferece-se para perseguir Henry com a ajuda de Locke. No primeiro flashback, Eko está a ouvir a confissão de um homem que admite ter cometido adultério mas que revela ser o falsificador de um passaporte americano para Eko. Quando recebe o passaporte outro padre chega e informa Eko que vai ter de adiar a viagem para investigar um milagre. Uma mulher afirma que a sua filha afogou-se num rio e voltou à vida no dia seguinte, ela quer que o mundo conheça o milagre. Eko informa o seu superior que não pode fazer a investigação porque não acredita do milagre mas o padre diz-lhe que foi exactamente por isso que o escolheu. Na selva Eko não faz qualquer esforço de seguir Henry e pede a Locke para o levar ao “Ponto de Interrogação”, Locke diz não saber a que se refere e que vai voltar para a escotilha, Eko dá-lhe uma cabeça e deixa-o inconsciente. Quando Locke recupera a consciência Eko diz que lhe deu a cabeçada porque ele estava a ser difícil. Locke acaba por ceder e mostra-lhe o diagrama que desenhou do “ponto de interrogação” e pergunta-lhe porque é que numa altura em que a amiga dele morreu ele quer ir atrás de algo que não sabem o que é, Eko diz-lhe que Ana que ele o ajude. Locke olha com cepticismo para Eko e este pergunta-lhe se ele nunca seguiu um sonho. Noutro flashback Eko entrevista o medico legista que acerca do milagre. O médico informa um Eko muito céptico que a rapariga “ressuscitou” durante a autópsia e mostra-lhe o registo áudio da mesma. Na selva, enquanto tentam decifrar o mapa que Locke desenhou de memória, Eko pisa uma Estatueta da Virgem Maria. Os dois foram ter ao local aonde o avião Beechcraft tinha caído com Boone e onde Eko queimou o corpo do irmão. Na escotilha Michael pergunta a Jack se Libby disse alguma coisa, que lhe responde que ela está inconsciente mas que mesmo assim está a sofrer. Quando diz a Kate que não tem nada que lhe possa dar para amenizar a sua dor Jack olha para Sawyer que imediatamente lhe diz que já lhe deu os medicamentos todos que tinha mas Jack suspira e diz “a heroína”. Sawyer diz que vai buscar uma mas Jack exige que Kate vá com ele de modo a que finalmente possam saber onde ele escondeu as armas, Sawyer concorda. A caminho do esconderijo Kate pergunta a Sawyer como Ana lhe roubou a arma mas ele foge da pergunta dizendo que se soubesse como ela o fez ela não o teria conseguido fazer. Sawyer para à beira da sua tenda e Kate pergunta-lhe se ele não a ia levar ao esconderijo, quando os dois entram ele revela que o seu esconderijo sempre esteve aos olhos de toda a gente, num buraco na sua tenda. Quando estão a sair, Hurley aproxima-se e pergunta-lhes se eles não viram a Libby, Kate conta-lhe o que aconteceu. Na floresta Yemi aparece a Eko e diz-lhe para ele o seguir na escala de um penhasco. Quando Eko chega ao cimo do penhasco, Yemi está sentado numa cadeira de rodas e diz-lhe “Acorda John”, Eko perde o balanço e cai do penhasco. Neste momento Locke acorda sobressaltado e fala de um homem, Eko percebe que ele teve um sonho com o seu irmão e pergunta-lhe para onde ele queria que eles fossem, Locke olha para o penhasco. Noutro flashback Eko vai visitar a mulher que falou do milagre e encontra a filha na entrada. A mãe vem ter com eles e diz-lhe que não é a altura apropriada para ele a visitar. O marido Richard aparece e manda as duas entrarem, então vai ter com Eko e diz-lhe que tudo se tratou de um mal entendido. Ele afirma que a sua mulher está a castiga-lo porque ele ganha a vida afirmando ser um vidente e a prestar milagres falsos a pessoas desesperadas por acreditar nele. Eko diz que vai por no relatório que não houve qualquer milagre. Quando se vai embora a filha está na janela a olhar para ele. Eko está agora a trepar o penhasco e chega com sucesso ao topo. Locke pergunta-lhe o que ele encontrou mas Eko diz-lhe que não encontrou nada. Quando olha para baixo, para Locke, ele vê o ponto de interrogação gigante no chão. Eko volta para baixo e descobre que a terra foi salgada de modo a que nada crescesse ali. Ele acha que o ponto de interrogação era na realidade um círculo usado por aviões como alvo. Eko começa a investigar o solo com o seu machado e descobre uma escotilha debaixo do avião. Eles afastam o avião de modo a que possam entrar. Na escotilha Jack administra a heroína a Libby para amenizar o seu sofrimento enquanto que Hurley conta a Michael que ia ter o seu primeiro romântico com ela, Michael olha para Hurley e este diz estar contente por ele estar bem. Depois de descerem as escadas, eles entram numa sala com duas cadeiras, uma secretaria e nove ecrãs de televisão. Locke liga os ecrãs mas apenas o ecrã 7 funciona e mostra imagens ao viva da escotilha Swan (Cisne), vemos Jack a passar de um lado para o outro. Locke encontra também um computador com um comando a perguntar >: PRINT LOG? Y/N (Imprimir Registo?). Locke pressiona o Y e uma impressora é activada. O relatório parece ser a confirmação de alguma acção a cada 108 minutos. Eko encontra um vídeo de Orientação e coloca no leitor para assistirem. O vídeo aparece com o quinto de seis. Um Dr. Mark Wickman instrui a audiência acerca do papel da Estação 5 que se chama The Pearl (A Pérola). A sua tarefa é monitorizar de uma perspectiva psicológica, as acções diária dos participantes das outras estações e escrever as suas observações nos cadernos fornecidos. Esses cadernos são depois colocados num tubo pneumático e serão transportados directamente para a sede. Dr. Marvin também afirma que os habitantes das outras estações acreditam que as suas tarefas são de importância extrema. O filme que tem bastante estática e alguns saltos termina com a nota de direitos de autor datada de 1980. Eko começa a reunir os relatórios afirmando que podem ser importantes e que acredita agora mais que nunca que o trabalho que Locke tem feito na escotilha é de extrema importância. Locke ridiculariza a situação e diz-lhe que tudo não passa de uma piada, ressentindo-se por agora acreditar que depois de toda a fé que demonstrou tudo não passava de uma experiência psicológica. Eko diz-lhe que ele carregou no botão não por o mandarem carregar mas porque acreditava ser o seu destino. Locke revoltado diz que nunca esteve destinado a nada, que tudo na sua vida é tão patético e insignificante como o botão. No ultimo flashback Mr. Eko está no aeroporto para apanhar o voo 815 da Oceanic quando a rapariga do milagre aparece para falar com ele. Ela afirma ter uma mensagem para ele. “Ele diz que tem sido um bom padre”, quem pergunta Eko, e a rapariga diz ter sido Yemi. Eko avisa-a para não brincar com a memória do irmão dele mas ela continua “Ele diz que o verá em breve, que mesmo que duvide de si mesmo, ele acredita em você”. Eko eleva a voz e pergunta porque é que ela está a fazer aquilo, outra passageira, Libby, pergunta se está tudo bem e a rapariga acena que sim. Na Pérola Eko mostra a Locke a cruz que o irmão usava e conta que por causa da sua traição Yemi foi morto a tiros. O corpo dele foi posto num avião, que descolou em Nigéria a meio mundo de distância da ilha. Depois o avião em ele (Eko) estava caiu nesta ilha e que de alguma forma foi ali naquele lugar que ele reencontrou o irmão, no mesmo avião que saiu da Nigéria, no mesmo avião que está acima deles naquele momento, o mesmo avião que escondia aquela escotilha. Conta-lhe que retirou a cruz do corpo do irmão e colocou à volta do seu pescoço, assim como estava no dia em que tirou pela primeira vez a vida a alguém. Termina perguntando a Locke “Como podes dizer que isto é insignificante?” e afirma que se ele não continuar a carregar o botão ele próprio o fará. Na escotilha Hurley pede para falar com Libby e devastado pede-lhe desculpas por se ter esquecido dos cobertores. Libby acorda e diz com horror nos olhos “Michael”, Jack pensando que ela está perguntar pela saúde dele diz-lhe que Michael está bem. Libby reage à informação e morre. No final vemos Sawyer a confortar Kate, Jack angustiado por não ter salvo Libby, Locke e Eko a voltarem e enquanto ouvimos o som de alarme do temporizador vemos Michael sozinho no armário das armas a olhar muito seriamente para a entrada.